GMT 5.2.1 在 Linux 下的安装

本文不再维护更新,最新版本的GMT的安装方法见 http://docs.gmt-china.org/install-linux.html

注意: 为 Ubuntu 和 CentOS 用户写了一个快速安装脚本,见 gmt-easy-installer。有兴趣的可以试着安装,也欢迎测试各种不同的平台。

本文介绍如何在 Linux 下安装 GMT 5.2.x。

GMT 5.2.x 系列的安装与 GMT 5.1.x 系列的安装稍有不同,故而在前文基础上单独写一篇。

说明:

  1. 仅适用于 5.2.1
  2. 所有命令均在一般用户下完成,需要 root 权限的命令都用 sudo 执行

下载

GMT 5.2.1 需要下载三个文件:

  1. GMT 源码: gmt-5.2.1-src.tar.gz
  2. 全球海岸线数据 GSHHG: gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
  3. 全球数字图表 DCW: dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

GMT 5.2.1 的源码包中,没有自带官方的 PDF 文档,需要额外下载:

  1. GMT_API.pdf
  2. GMT_Docs.pdf
  3. GMT_Manpages.pdf
  4. GMT_Tutorial

下载完成后,可以用 md5sum 检查压缩文件的 md5 值,以保证该文件是完整且未被篡改的:

$ md5sum gmt-5.2.1-src.tar.gz gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz dcw-gmt-1.1.2.tar.gz
df96d3cc9a93bc3c049f1523ada57117  gmt-5.2.1-src.tar.gz
12c6604d779ddd1727e96433da20e147  gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
45c99d30026742dbc0b1644ea64f496d  dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

解决依赖关系

基础依赖包

GMT 的编译需要 C 和 C++ 编译器、cmake 等开发工具。

对于 Ubuntu/Debian:

sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc g++ cmake make libc6

对于 CentOS/RHEL/Fedora:

sudo yum install gcc gcc-c++ cmake make glibc

GMT 的编译过程要求 cmake 的版本 >=2.8.5 ,需要注意:

  1. 安装 cmake 之后,可以通过 cmake --version 检查 cmake 版本;
  2. CentOS 6.5 的官方源中 cmake 的版本为 2.6.4,版本过低,无法满足要求;
  3. CentOS 6.6 的官方源中 cmake 的版本为 2.8.12,可以满足要求;
  4. 使用 CentOS 6.5 的用户可以 yum update 将系统升级到 6.6,即可使用较高版本的 cmake;
  5. CentOS 6.5 用户若不愿意升级整个系统,则需要先安装 EPEL 源,再安装 EPEL 源中的 cmake28 ,并且在接下来的编译过程中要将 cmake 命令改成 cmake28
  6. CentOS 7 官方源中 cmake 版本为 2.8.11,可以直接安装使用;

软件依赖包

GMT5 的依赖包,相对来说要复杂很多:

  • 看 PS 文件以及将 PS 转换成其他格式需要 ghostscript
  • 网格文件需要 netCDF (>=4.0,且需要支持 netCDF-4/HDF5)
  • GLib 库:提供了 C 语言下的树、hash、列表和字符串功能
  • Perl 兼容正则表达式库 PCRE
  • 地理空间数据抽象库 GDAL
  • Fourier 变换库 FFTW (>=3.3)
  • 线性代数库 LAPACK 和 BLAS
  • 如果想要自行编译文档的话还需要 Sphinx 以及 TeXLive

对于 Ubuntu/Debian:

sudo apt-get update
# 必须安装的包
sudo apt-get install ghostscript libnetcdf-dev
sudo apt-get install libglib2.0-dev
# 推荐安装的包
sudo apt-get install libgdal-dev python-gdal
sudo apt-get install liblapack3
# 可选的安装包
sudo apt-get install libpcre3-dev libfftw3-dev

对于 RHEL/CentOS/Fedora:

# 安装必须的包
sudo yum install ghostscript netcdf-devel
sudo yum install glib2-devel
# 推荐安装的包
sudo yum install gdal-devel gdal-python
sudo yum install lapack64-devel lapack-devel
# 可选的安装包
sudo yum install pcre-devel fftw-devel

一些需要注意的地方:

  1. 一定不要试图自己手动编译 netCDF,因为手动编译很难解决依赖问题,网上的大多数手动编译 netCDF 的教程中都关闭了 netCDF 对 HDF5 的支持,因而导致 GMT5 无法使用。如果在阅读本文之前曾经手动编译过,一定要将原来手动编译生成的文件删除干净。通常可以使用 locate netcdf 找到 /usr/local 目录下的与 netCDF 相关的文件,直接删除即可。
  2. CentOS 官方源中不带有 netCDF,需要先安装 EPEL 源
  3. pcre、fftw 和 gdal 不是必须要安装的,但是推荐安装。其中 gdal 在做数据格式转换时非常有用;
  4. 其他发行版很久不用了,不清楚细节,读者可以在使用过程中补充。

安装 GMT

将之前下载的三个压缩文件以及四个 PDF 文档都放在同一个目录里,以下假定目录名为 /home/seisman/Desktop/GMT

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# 当前目录名为 /home/seisman/Desktop/GMT
$ pwd
/home/seisman/Desktop/GMT
# 当前目录下包含了三个压缩文件和四个 PDF 文档
$ ls
dcw-gmt-1.1.2.tar.gz gmt-5.2.1-src.tar.gz gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
GMT_API.pdf GMT_Docs.pdf GMT_Manpages.pdf GMT_Tutorial.pdf
# 解压三个压缩文件
$ tar -xvf gmt-5.2.1-src.tar.gz
$ tar -xvf gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
$ tar -xvf dcw-gmt-1.1.2.tar.gz
# 将 gshhg 和 dcw 数据复制到 gmt 的 share 目录下
$ mv gshhg-gmt-2.3.5 gmt-5.2.1/share/gshhg
$ mv dcw-gmt-1.1.2 gmt-5.2.1/share/dcw-gmt
# 将 PDF 复制到 doc_release 目录下
$ mv *.pdf gmt-5.2.1/doc_release/pdf
# 切换到 gmt 源码目录下
$ cd gmt-5.2.1
# 新建用户配置文件
$ gedit cmake/ConfigUser.cmake

cmake/ConfigUser.cmake 文件中加入如下语句:

set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/opt/GMT-5.2.1")
set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS FALSE)
set (COPY_GSHHG TRUE)
set (COPY_DCW TRUE)
set (GMT_USE_THREADS TRUE)
  • CMAKE_INSTALL_PREFIX 设置 GMT 的安装路径,可以修改为其他路径
  • GMT_INSTALL_MODULE_LINKS 为 FALSE,表明不在 GMT 的 bin 目录下建立命令的软链接,也可设置为 TRUE
  • COPY_GSHHG 为 TRUE 会将 GSHHG 数据复制到 GMT/share/coast
  • COPY_DCW 为 TRUE 会将 DCW 数据复制到 GMT/share/dcw
  • GMT_USE_THREADS 表示是否开启某些模块的并行功能(CentOS 6.x 下,需设置为 FALSE

以下几点说明,仅供高阶用户阅读:

  1. GMT 提供了用户配置的模板文件 cmake/ConfigUserTemplate.cmake,其中包含了众多可配置的变量以及大量的注释说明。可以直接将该文件名复制为 cmake/ConfigUser.cmake,然后在模板基础上做修改,以自定义 GMT 的安装。仅供高阶用户使用
  2. CMAKE_INSTALL_MODULE_LINKS 的作用是在 GMT 的 bin 目录下建立命令的软链接,以兼容 GMT4 语法,建议设置为 FALSE
  3. 配置文件中 GSHHG_ROOTDCW_ROOT 可以用于指定数据所在路径。此处已将数据放在 GMT 的 share 目录下,使得在配置过程中 GMT 可以自动找到,因而不需要设置这两个变量
  4. 若系统中存在多个 GMT 的版本,按照上面的做法会存在多个 GSHHG 和 DCW 数据的副本,造成数据冗余。此时,可以将 gshhg 和 dcw 数据放在专门的目录中,比如 /home/seisman/Datas/ 目录下。然后有两种解决办法:
    1. 完全按照上面的做法,在安装完成后,删除 /opt/GMT-5.2.1/share 目录下的 coastdcw 两个目录,并建立两个指向数据的真实数据的软链接:

      $ cd /opt/GMT-5.2.1/share
      $ sudo rm -r coast/
      $ sudo rm -r dcw/
      $ sudo ln -s /home/seisman/Datas/gshhg-gmt-2.3.5 gshhg
      $ sudo ln -s /home/seisman/Datas/dcw-gmt-1.1.2 dcw
    2. 设置配置文件如下:

      set (CMAKE_INSTALL_PREFIX"/opt/GMT-5.2.1")
      set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS FALSE)
      set (GSHHG_ROOT"/home/seisman/Datas/gshhg-gmt-2.3.5")
      set (COPY_GSHHG FALSE)
      set (DCW_ROOT"/home/seisman/Datas/dcw-gmt-1.1.1")
      set (COPY_DCW FALSE)
      set (GMT_USE_THREADS TRUE)

继续执行如下命令以检查 GMT 的依赖关系:

$ mkdir build
$ cd build/
$ cmake ..

cmake .. 会检查 GMT 对软件的依赖关系,我的检查结果如下:

*  Options:
*  Found GSHHG database       : /home/seisman/Desktop/GMT/gmt-5.2.1/share/gshhg (2.3.5)
*  Found DCW-GMT database     : /home/seisman/Desktop/GMT/gmt-5.2.1/share/dcw-gmt
*  NetCDF library             : /usr/lib64/libnetcdf.so
*  NetCDF include dir         : /usr/include
*  GDAL library               : /usr/lib64/libgdal.so
*  GDAL include dir           : /usr/include/gdal
*  FFTW library               : /usr/lib64/libfftw3f.so
*  FFTW include dir           : /usr/include
*  Accelerate Framework       :
*  Regex support              : PCRE (/usr/lib64/libpcre.so)
*  ZLIB library               : /usr/lib64/libz.so
*  ZLIB include dir           : /usr/include
*  LAPACK library             : yes
*  License restriction        : no
*  Triangulation method       : Shewchuk
*  OpenMP support             : enabled
*  GLIB GTHREAD support       : enabled
*  PTHREAD support            : enabled
*  Build mode                 : shared
*  Build GMT core             : always [libgmt.so]
*  Build PSL library          : always [libpostscriptlight.so]
*  Build GMT supplements      : yes [supplements.so]
*  Build GMT Developer        : yes
*  Build proto supplements    : none
*
*  Locations:
*  Installing GMT in          : /opt/GMT-5.2.1
*  GMT_DATADIR                : /opt/GMT-5.2.1/share
*  GMT_DOCDIR                 : /opt/GMT-5.2.1/share/doc
*  GMT_MANDIR                 : /opt/GMT-5.2.1/share/man
-- Configuring done
-- Generating done

正常情况下的检查结果应该与上面给出的类似。若出现问题,则需要检查之前的步骤是否有误,检查完毕后重新执行 cmake .. ,直到出现类似的检查结果。检查完毕后,开始编译和安装:

$ make -j
$ sudo make -j install

自行编译文档

如果系统中安装了 sphinx 和 LaTeX,则可以自行编译文档。一般情况下,不建议自行编译文档,官方提供的文档已经足够:

$ make -j docs_man          # 生成 man 文档
$ make -j docs_html         # 生成 HTML 文档
$ make -j docs_pdf          # 生成 PDF 文档
$ make -j docs_pdf_shrink   # 生成更小的 PDF 文档
$ sudo -j make install

修改环境变量

修改环境变量并使其生效:

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$ echo 'export GMT5HOME=/opt/GMT-5.2.1' >> ~/.bashrc
$ echo 'export PATH=${GMT5HOME}/bin:$PATH'>> ~/.bashrc
$ echo 'export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${GMT5HOME}/lib64'>> ~/.bashrc
$ exec $SHELL -l

说明

  • 第一个命令向 ~/.bashrc 中添加环境变量 GMT5HOME
  • 第二个命令修改 ~/.bashrc ,将 GMT5 的 bin 目录加入到 PATH
  • 第三个命令将 GMT5 的 lib 目录加入到动态链接库路径中,若为 32 位系统,则为 lib ;64 位系统则为 lib64
  • 第四个命令是重新载入 bash,相当于 source ~/.bashrc
  • 某些发行版下可能需要写入到 ~/.bash_profile 而不是 ~/.bashrc
  • 某些发行版下可能需要退出再重新登陆,或关机重启

测试是否安装成功

在终端键入 gmt ,若出现如下输出,则安装成功:

$ gmt --version
5.2.1

Ubuntu 14.04/15.04 以及部分 Debian 用户,可能会出现如下信息:

$ gmt
Sub-commands for gmt:
install    install more modules
ERROR: Please specify valid params for 'gmt'.

出现该错误的原因是这几个发行版中的 libgenome-perl 包中提供了同名的命令 /usr/bin/gmt ,把该软件包卸载即可。

参考来源

  1. http://gmtrac.soest.hawaii.edu/projects/gmt/wiki/BuildingGMT
  2. GMT4.5.14 在 Linux 下的安装
  3. GMT5.1.2 在 Linux 下的安装

修订历史

  • 2015-11-13:根据 5.1.2 的安装步骤更新至 5.2.1;
  • 2015-12-23: GMT_USE_THREADS 功能需要安装 glib2 库文件;